Taxonomie linnéenne

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Taxonomie linnéenne est une méthode de classification des êtres vivants conçue à l'origine par et nommée en l'honneur de Carl von Linné (né Carl Linnæus), bien qu'elle ait considérablement changé depuis son époque. La plus grande innovation de Linné, et toujours l'aspect le plus important de ce système, est l'utilisation générale de la nomenclature binomiale - la combinaison d'un genre nom et une seule épithète spécifique pour identifier de manière unique chaque espèce de l'organisme. Par exemple, l'espèce humaine est identifiée de manière unique par le binômeHomo sapiens.Aucune autre espèce animale ne peut avoir cette appellation binomiale. Avant Linnaeus, les animaux étaient classés selon leur mode de mouvement.


Toutes les espèces sont classées dans une hiérarchie classée, commençant à l'origine parroyaumes, bien que le domaine ait depuis été ajouté en tant que rang au-dessus des royaumes. Il existe trois domaines:Eukarya,Archée, etLes bactéries(les deux derniers sont tous deux composés de procaryotes, mais les ayant dans unProkaryaroyaume serait tout simplement trop simple et facile à comprendre pour les biologistes). Les royaumes sont divisés enphyla(singulier:phylum) - pour les animaux; le termedivision, utilisé pour les plantes, équivaut au rang de phylum (et l'actuel Code international de nomenclature botanique autorise l'utilisation de l'un ou l'autre terme). Phyla (ou divisions) sont divisés enDes classes, et ils, à leur tour, enordres,des familles,produire(singulier:genre), etespèce(singulier:espèce).

Bien que le système linnéen se soit avéré robuste, l'expansion des connaissances a conduit à une augmentation du nombre de niveaux hiérarchiques dans le système, augmentant les exigences administratives du système (voir le Wikipédia article sur Code international de nomenclature zoologique .), bien qu'il reste le seul système de classification opérationnel existant à l'heure actuelle qui bénéficie d'une acceptation scientifique universelle. Parmi les subdivisions ultérieures qui sont apparues, il y a des entités telles que les phylums (singulier: phylum), les superclasses, les super-ordres, les infra-ordres, les familles, les superfamilles et les tribus. Beaucoup de ces niveaux extra hiérarchiques ont tendance à apparaître dans des disciplines telles que entomologie , dont le sujet regorge d'espèces nécessitant une classification. Tout domaine biologique riche en espèces ou soumis à une révision de l'état des connaissances existantes concernant ces espèces et leurs relations les unes avec les autres, utilisera inévitablement les niveaux hiérarchiques supplémentaires, en particulier si l'intégration d'organismes vivants avec des fossiles est effectuée, et l'application d'outils de classification plus récents tels que cladistique pour faciliter cela a lieu.

Il y a des rangs en dessous des espèces: En zoologie,sous-espèceetmorph; en botanique,variété(variétés) etforme(forma). De nombreux botanistes utilisent désormais des «sous-espèces» au lieu de «variété», bien que les deux ne soient pas, à proprement parler, de rang équivalent et que la «forme» soit en grande partie désuète.

Les groupes d'organismes à l'un de ces rangs sont appelésévaluer(singulier:taxon), ouphyla, ougroupes taxonomiques.


Contenu

Exemple de classification: humains

À titre d'exemple, considérons la classification linnéenne pour les humains modernes:



  • Domaine: Eukarya (cellules avec un noyau à l'intérieur)
  • Royaume: Animalia (avec eucaryote cellules ayant une membrane cellulaire mais dépourvue de paroi cellulaire, multicellulaire, hétérotrophe)
  • Superphylum: Deutérostomie (l'embryon développe un anus suivi d'une bouche)
  • Phylum: Chordata (animaux avec notochorde, cordon nerveux dorsal et pharyngien fentes branchiales, qui peuvent être vestigiales)
  • Subphylum: Vertébrés (possédant une colonne vertébrale, qui peut être cartilagineuse, pour protéger le cordon nerveux dorsal)
  • Infraphylum: Gnathostomata (a une mâchoire)
  • Superclasse: Tetrapoda (ayant des membres avec des chiffres et respirant de l'air par les poumons)
  • Classer: Mammalia (vertébrés à sang chaud avec des cheveux et des glandes mammaires qui, chez les femelles, sécrètent du lait pour nourrir Jeune , également avec des os de l'oreille moyenne, des articulations de la mâchoire dentaire-squamosale au lieu d'un quadrate articulaire, un émail prismatique, 2 condyles occipitaux et un néocortex dans le cerveau)
  • Sous-classe: Placentalia (donnant naissance à des jeunes vivants après une période de gestation interne complète, sans os épipubien, ayant de larges bassins, possédant un corps calleux dans leur cerveau et ayant une malléole au bas du péroné)
  • Super commande: Euarchontoglires (possédant un appendice vermiforme et des incisives crantées)
  • Commander: Primates (clavicule, yeux tournés vers l'avant, saisir les mains avec les doigts et deux types de dents: incisives et molaires)
  • Famille: Hominidae (posture droite, grande cerveau , vision stéréoscopique, visage plat, mains et pieds ont des spécialisations différentes)
  • Genre: Homo(colonne vertébrale courbée en S, 'homme')
  • Espèce: Homo sapiens(front haut, menton bien développé, os du crâne fins)
  • Sous-espèces: Homo sapiens sapiens(modernité comportementale)

(Notez que cela utilise les caractères de diagnostic visibles habituels.)


Nomenclature

L'une des forces de la taxonomie linnéenne est qu'elle peut être utilisée pour développer un système simple et pratique pour organiser les différents types d'organismes vivants. Chaque espèce reçoit un nom unique et stable (par rapport aux noms communs qui ne sont souvent ni uniques ni cohérents d'un endroit à l'autre et d'une langue à l'autre). Cette unicité et cette stabilité sont, bien entendu, le résultat de l'acceptation par les systématistes de travail (biologistes spécialisés en taxonomie); non seulement de la nomenclature binomiale en elle-même, mais de codes beaucoup plus complexes de règles et de procédures régissant l'utilisation de ces noms.

Ces règles sont régies par des codes formels de nomenclature biologique. Les règles régissant la nomenclature et la classification des végétaux et champignons sont contenus dans le Code international de nomenclature botanique, maintenu par l'Association internationale de taxonomie végétale. Le code actuel, le «code Saint Louis», a été adopté en 1999 et remplace le «code de Tokyo». Le code correspondant pour les animaux est le Code international de nomenclature zoologique (ICZN], également révisé pour la dernière fois en 1999, et mis à jour par la Commission internationale de nomenclature zoologique. Le code pour les bactéries est le Code international de nomenclature des bactéries (ICNB), révisé en dernier lieu en 1990, et mis à jour par le Comité international sur la systématique des procaryotes (ICSP). Il existe également un code pour la nomenclature des virus, la base de données universelle sur les virus du Comité international de taxonomie des virus (ICTVdB) bien qu'il soit organisé sur des principes quelque peu différents, car l'histoire évolutive de ces formes n'est pas comprise.


Développements ultérieurs depuis Linnaeus

Au fil du temps, notre compréhension des relations entre les êtres vivants a changé. Linnaeus ne pouvait baser son schéma que sur les similitudes structurelles des différents organismes. Le plus grand changement a été l'acceptation généralisée de évolution comme mécanisme de la diversité biologique et de la formation des espèces. Il est alors devenu généralement admis que les classifications doivent refléter phylogénie d'organismes, en regroupant chaque taxon de manière à inclure l'ancêtre commun des membres du groupe (et ainsi éviter le polyphyly). Ces taxons peuvent être monophylétiques (y compris tous les descendants) tels que le genreHomo, ou paraphylétique (à l'exclusion de certains descendants), comme le genre Australopithèque . Dans le domaine de la phylogénétique, seuls les groupes monophylétiques sont considérés comme légitimes, tandis que les groupes paraphylétiques nécessitent une révision taxonomique.

À l'origine, Linné a établi trois royaumes dans son plan, à savoir Plantae , Animalia et un groupe supplémentaire pour les minéraux, abandonné depuis longtemps. Depuis lors, diverses formes de vie ont été déplacées dans trois nouveaux royaumes: Monera, pour procaryotes (c'est-à-dire des bactéries); Protista, pour les protozoaires et la plupart des algues; et Champignons . Ce schéma à cinq royaumes est encore loin de l'idéal phylogénétique et a été largement supplanté dans les travaux taxonomiques modernes par une division en trois domaines: Les bactéries et Archaea (qui contiennent les procaryotes) et Eukaryota. Ce changement a été précipité par la découverte des Archées. Ces arrangements ne doivent pas être considérés comme définitifs. Ils sont basés sur les génomes des organismes; à mesure que les connaissances à ce sujet augmentent, les catégories changeront également. Même avec les relations évolutives redressées, il y a un débat sur la façon de regrouper les organismes pour mieux refléter ces relations. Par exemple, certains scientifiques préconisent de placer les chimpanzés dans le genreHomo, car ils sont plus étroitement liés aux humains qu'aux autres grands singes.

Refléter des relations véritablement évolutives, en particulier étant donné la large acceptation de la méthodologie cladistique et de nombreuses phylogénies moléculaires qui ont contesté les classifications acceptées depuis longtemps, s'est avérée problématique dans le cadre de la taxonomie linnéenne. Par conséquent, certains systématistes ont proposé un Phylocode pour le remplacer.

Citations

  • «La taxonomie (la science de la classification) est souvent sous-estimée en tant que forme glorifiée de classement - avec chaque espèce à sa place prescrite dans un album; mais la taxonomie est une science fondamentale et dynamique, consacrée à l'exploration des causes des relations et des similitudes entre les organismes. Les classifications sont des théories sur la base de l'ordre naturel, pas des catalogues ennuyeux compilés uniquement pour éviter le chaos. Stephen Jay Gould (1990, p.98)