Affaire Lenski

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Le Affaire Lenski était une tentative d'un avocat militant politiquement conservateur Andrew Schlafly (créateur de Conservapedia et endosseur de créationnisme ) pour contester la recherche révolutionnaire du professeur de la Michigan State University et membre de la National Academy of Science Richard Lenski . Lenski et son élève Zachary Blount avaient rapporté l'observation de évolution dans les bactéries. Schlafly a écrit à Lenski. Il a exigé des données brutes mais Lenski a refusé. Lenski a cité le manque de qualifications de Schlafly en tant que bactériologiste qualifié. Le défi de Schlafly a abouti à une publicité sur le l'Internet . Richard dawkins discute Les recherches de Lenski et l'affaire dans son livreLe plus grand spectacle au monde, faisant référence aux doutes implicites de Schlafly sur les résultats de Lenski comme une «suggestion impertinente».


Contenu

Fond

La population désignée Ara-3 (au centre) a évolué pour utiliser le citrate présent dans le milieu de croissance.

Le 9 juin 2008, le Nouveau scientifique a publié un article décrivant les résultats préliminaires d'une longue expérience commencé par Lenski. Lenski et son équipe avaient prélevé une seule souche de la bactérieE. coli, a séparé ses descendants en douze populations, et a commencé à observer leur mutations au cours de deux décennies. LeE. coliont reçu une quantité mesurée de glucose chaque jour. À un moment donné, l'une des populations a explosé bien au-delà des paramètres de l'expérience. Lenski a finalement découvert que cette population avait développé la capacité de `` manger '' du citrate, un molécule qui faisait partie de la solutionE. colihabité, mais quiE. coline peut normalement pas être absorbé. Ainsi, l'évolution avait été visiblement observée, avec une quantité exquise de preuve établir la chronologie en cours de route. Non seulement cela, mais l'expérience a été répétable ; Lenski a commencé de nouvelles expériences avec les `` archives '' gelées de la population qui ont explosé et a constaté qu'au-delà d'un certain point, cette population particulière deE. coliétaient très susceptibles de développer la capacité de digérer le citrate. Le document a également souligné le rôle de contingence historique en évolution et le rôle de potentialisation des mutations .

Naturellement, cette nouvelle a été postée sur Conservapedia, la portant à l'attention de Schlafly. Comme il est créationniste, cela a évidemment volé à l'encontre de ses opinions et ne pouvait pas être toléré . Après une discussion au cours de laquelle il a exprimé son scepticisme, il a envoyé au Dr Lenski un e-mail lui demandant des données supplémentaires et a créé une page sur son blog / ' encyclopédie «Dialogue Lenski». L'échange d'e-mails qui s'ensuit est ci-dessous.


Correspondance

Première lettre, 13 juin 2008

Cher professeur Lenski,

Le scepticisme a été exprimé sur Conservapedia à propos de vos affirmations, et de la signification de vos affirmations, selon lesquelles la bactérie E. Coli avait une mutation bénéfique évolutive dans votre étude. Plus précisément, nous nous interrogeons sur les données à l'appui de votre affirmation selon laquelle l'une de vos colonies d'E. Coli a développé la capacité d'absorber le citrate, quelque chose qui ne se trouve pas dans E. Coli sauvage, à environ 31 500 générations. De plus, il existe un scepticisme quant au fait que 3 protéines nouvelles et utiles sont apparues dans la colonie vers la génération 20 000. Un article récent sur vos affirmations apparaît dans New Scientist ici: http://www.newscientist.com/channel/life/dn14094-bacteria-make-major-evolutionary-shift-in-the-lab.html

Les directives de soumission pour les actes de la National Academy of Science stipulent que «(viii) la disponibilité des matériaux et des données. Pour permettre à d'autres de reproduire et de s'appuyer sur des travaux publiés dans PNAS, les auteurs doivent mettre à la disposition des lecteurs les documents, les données et les protocoles associés. Les auteurs doivent divulguer lors de la soumission du manuscrit toute restriction concernant la disponibilité du matériel ou des informations. De plus, votre travail a apparemment été financé par les contribuables, ce qui constitue une raison supplémentaire de rendre les données accessibles au public.



Veuillez publier les données à l'appui de vos affirmations remarquables afin que nous puissions les examiner et noter où dans les données vous trouvez la justification de vos conclusions.


Je publierai votre réponse, ou votre absence de réponse, sur www.conservapedia.com. Merci.

Andy Schlafly, B.S.E., J.D. Conservapedia


Première réponse, 13 juin 2008

Cher M. Schlafly,

Je suggère que vous souhaitiez peut-être lire notre article lui-même, qui est disponible en téléchargement dans la plupart des bibliothèques universitaires et est également affiché en tant que publication n ° 180 sur mon site Web. Voici un bref résumé qui aborde vos trois points.

1) '... vos affirmations, selon lesquelles la bactérie E. Coli avait une mutation bénéfique évolutive dans votre étude.' Nous (mon groupe et mes collaborateurs scientifiques) avons déjà publié plusieurs articles qui documentent des mutations bénéfiques dans notre expérience à long terme. Ces articles fournissent des détails exacts sur l'identité des mutations, ainsi que des constructions génétiques où nous avons produit des génotypes qui diffèrent par des mutations uniques, puis les concurrencent, démontrant que les mutations confèrent un avantage dans les conditions environnementales de l'expérience. Voir les articles 122, 140, 155, 166 et 178 référencés sur mon site Web. Dans le dernier article, vous verrez que nous ne prétendons pas avoir identifié la base génétique des mutations observées dans cette étude. Cependant, nous avons trouvé un certain nombre de clones mutants qui présentent des différences de comportement héréditaires (croissance sur citrate), et qui confèrent un net avantage dans l'environnement où ils ont évolué, qui contient du citrate. Nos travaux futurs chercheront à identifier les mutations responsables.

2. «Plus précisément, nous nous interrogeons sur les données à l'appui de votre affirmation selon laquelle l'une de vos colonies d'E. Coli a développé la capacité d'absorber le citrate, quelque chose qui ne se trouve pas dans E. Coli sauvage, vers 31 500 générations. Vous trouverez toutes les méthodes et données pertinentes à l'appui de cette affirmation dans notre article. Nous établissons également dans notre article, à travers divers marqueurs phénotypiques et génétiques, que le mutant Cit + était bien un descendant de la souche originale utilisée dans nos expériences.


3. «De plus, il y a un scepticisme sur le fait que 3 nouvelles protéines utiles sont apparues dans la colonie vers la génération 20 000». Nous ne faisons aucune déclaration de ce genre dans notre article, et je ne pense pas non plus que ce soit exact. Les protéines n'apparaissent en aucun cas «à l'improviste». Nous montrons que ce que nous appelons un génotype «potentialisé» avait évolué à la génération 20 000 qui avait une plus grande propension à produire des mutants Cit +. Nous montrons également que la dynamique d'apparition des mutants Cit + dans les génotypes potentialisés est très suggestive de la nécessité de deux mutations supplémentaires pour produire le trait Cit + résultant. De plus, nous avons constaté que les mutants Cit +, lorsqu'ils sont apparus pour la première fois, étaient souvent assez faibles dans l'utilisation du citrate. Au moins la principale lignée Cit + que nous avons étudiée a subi une mutation supplémentaire (ou des mutations) qui a affiné cette capacité et conduit à une grande amélioration de la croissance du citrate. Toutes ces questions ainsi que les méthodes et données à l'appui sont couvertes dans notre article.

Sincèrement,

Richard Lenski

Deuxième lettre, 18 juin 2008

Cher professeur Lenski,

Ceci est ma deuxième demande pour vos données sous-jacentes à votre article récent, `` La contingence historique et l'évolution d'une innovation clé dans une population expérimentale d'Escherichia coli '', publié dans PNAS (10 juin 2008) et rapporté dans New Scientist (`` Bacteria make changement évolutif majeur en laboratoire, 9 juin 2008). http://myxo.css.msu.edu/lenski/pdf/2008,%20PNAS,%20Blount%20et%20al.pdf http://www.newscientist.com/channel/life/dn14094-bacteria-make-major-evolutionary-shift-in-the-lab.html

Votre travail a été financé par les contribuables et PNAS déclare que ses auteurs rendront disponibles les données sous-jacentes. J'aimerais examiner les données moi-même et assurer la disponibilité pour les autres, y compris les experts et mes étudiants. D'autres ont exprimé leur intérêt pour l'accès aux données en plus de moi-même, et votre site Web semble bien adapté à la diffusion publique de ces données.

Si les données sont volumineuses, alors je demande notamment l'accès aux données qui ont été mises à la disposition des pairs examinateurs de votre article, et aux données relatives à la période pendant laquelle la colonie bactérienne aurait développé Cit +. Comme auparavant, je demande les données organisées elles-mêmes, pas les graphiques et les résumés présentés dans le document et auxquels vous faites référence dans votre première réponse. Notez que plusieurs fois votre article déclare expressément «données non affichées».

Étant donné qu'il s'agit de ma deuxième demande de données, une réponse claire est demandée pour savoir si vous allez rendre les principales données sous-jacentes disponibles pour un examen indépendant. Votre réponse, ou l'absence de réponse, sera publiée en raison de l'intérêt public pour ce problème. Merci.

Andy Schlafly, B.S.E., J.D. www.conservapedia.com cc: PNAS, New Scientist publications

Deuxième réponse, 23 juin 2008

Cher M. Schlafly,

J'ai essayé d'être poli, courtois et respectueux dans ma réponse à votre premier e-mail, malgré son ton grossier et son contenu non informé. Compte tenu de la grossièreté continue de votre deuxième e-mail et du contenu volontairement ignorant et calomnieux de votre site Web, ma deuxième réponse sera moins polie. J'attends de vous que vous publiiez ma réponse dans son intégralité; sinon, je veillerai à ce que cela soit rendu public via d'autres canaux.

J'offre cette longue réponse parce que je suis un éducateur aussi bien qu'un scientifique. J'espère sincèrement que certains lecteurs pourraient apprendre quelque chose de cet échange, même si vous ne le faites pas.

Premièrement, il semble que la lecture n'est peut-être pas votre point fort donné votre lettre initiale, qui montrait que vous n'aviez pas lu notre article, et donné des conversations ultérieures avec vos abonnés, dans lesquelles vous avez écrit que voustoujoursn'avait pas pris la peine de lire notre journal. Vous avez écrit: «J'ai parcouru l'article de Lenski…» Si vous n'avez même pas lu l'article original, comment avez-vous une base de compréhension à partir de laquelle remettre en question, et encore moins critiquer, les données qui y sont présentées?

Deuxième, votre capacité à mal interpréter et / ou à déformer les faits est évidente dans la troisième demande de votre première lettre, où vous avez dit: «De plus, il y a un scepticisme quant au fait que 3 nouvelles protéines utiles sont apparues dans la colonie vers la génération 20 000.» Cette déclaration a été suivie d'un lien vers un article de presse deNewScientistqui a brièvement rendu compte de notre travail. J'ai supposé que vous aviez simplement mal compris cet article, car il n'y a même aucune mention de protéines dans l'article de presse. Comme je lui ai répondu: «Nous ne faisons aucune déclaration de ce genre dans notre article, et je ne pense pas non plus que ce soit exact. Les protéines n'apparaissent pas à l'improviste, en aucun cas. » Alors, d'où vient votre assertion confuse? Il semble provenir de l'une de vos discussions précédentes, au cours de laquelle un acolyte[sic](Able806, qui à son crédit semble au moins avoir tenté de lire notre article) a écrit:

«Je pense qu'il serait peut-être préférable de clarifier certains des travaux de Richard. Il a commencé son projet E.Coli en 1988 et dirige le projet depuis 20 ans maintenant; ses protocoles sont accessibles au grand public. L'article du New Scientist n'est pas très technique mais l'article àPNASest. Le changement était basé sur l'une de ses colonies développant la capacité d'absorber le citrate, quelque chose qui ne se trouve pas dans E.Coli sauvage. Cela s'est produit autour de 31 500 générations et est basé sur le développement de 3 protéines dans le génome d'E. Coli. Son travail futur consistera à examiner ce qui a provoqué le développement de ces 3 protéines autour de la génération 20 000 de cette colonie particulière.

Comme preuve supplémentaire de votre incapacité à ne pas tenir compte de quelques faits simples, vous avez écrit plus tard ce qui suit: «Il [ma réponse] a clarifié que ses affirmations ne sont pas aussi fortes que certains évolutionnistes l'ont insisté. Mais aucun biologiste compétent n'aurait, après avoir lu notre article avec le moindre soin, insister (ou même suggérer) que «3 protéines nouvelles et utiles sont apparues dans la colonie vers la génération 20 000» ou tout autre non-sens similaire. Ce n’est que dans votre lettre et dans l’interprétation confuse que votre acolyte donne de notre article que j’ai jamais vu une telle affirmation. Suis-je ou le journaliste pourNewScientisten quelque sorte responsable de la confusion qui reflète votre propre paresse et votre apparente incapacité à faire la distinction entre un article scientifique, un article de presse et un résumé confus publié par un acolyte sur votre propre site Web?

Troisièmement, il m'est apparu, et pour beaucoup d'autres qui ont suivi cet échange et vos discussions en ligne sur la façon de procéder, que vous n'agissez pas de bonne foi dans les demandes de données. D'après la discussion publiée sur votre site Web, il est évident que vous n'avez aucune expertise dans les domaines pertinents. Plusieurs de vos acolytes vous l'ont fait remarquer et que vos motivations ne sont pas claires ou douteuses au mieux, mais vous et vos copains avez rejeté leurs préoccupations comme des diatribes et mêmeexclucertains d'entre eux de publier sur votre site Web. [ http://rationalwiki.com/wiki/Expelled:_No_Intelligence_Allowed ] Plusieurs ont également souligné que j'avais répondu très rapidement et sans détour que les méthodes et les données soutenant l'évolution de la capacité d'utilisation du citrate sont déjà fournies dans notre article. Une affiche dans vos discussions, Aaronp, a écrit:

«J'ai lu l'article de Lenski et, en tant que microbiologiste de formation, je pensais qu'il était à la fois complet et bien fait. Ses affirmations sont étayées par de bonnes données, à savoir celles qui ont été présentées dans les chiffres. J'ai parcouru chacun des chiffres après qu'Aschlafly ait dit qu'ils n'étaient pas informatifs. En fait, ce sont des chiffres de base qui montrent l'explosion démographique des cultures bactériennes après la mutation Cit +. Ces chiffres montrent que les cultures ont augmenté en taille et en masse à un moment donné, en étant capables de le faire parce qu'elles avaient développé un mécanisme pour utiliser un nouveau nutriment, sans l'aide de plasmides auxiliaires. … L’article de Lenksi, bien qu’il ne soit pas le plus précis que j’ai vu, est toujours un article très bien documenté qui appuie bien ses affirmations. »

(D'après ce que j'ai vu, Aaronp est la seule affiche qui a affirmé une expertise en microbiologie.) Comme preuve supplémentaire de l'absence de discussion de bonne foi sur nos recherches, dans le fil de discussion qui a commencé avant même que vous ne m'envoyiez votre premier e-mail. , J'ai compté les mots «fraude» ou «frauduleux» utilisés plus de 10 fois, dont un acolyte, TonyT, qui dit carrément que je suis «clairement un piratage frauduleux». Dans le fil de discussion qui comprend également des commentaires après ma première réponse, le nombre de fois où ces mêmes mots sont utilisés est passé à 20, le mot «canular» entrant également dans la discussion. Quelques affiches conseillaient sagement contre une telle calomnie, mais cela ne vous a pas découragé. Je dois dire qu'il est étonnant qu'une personne diplômée en droit fasse, et permette sur son site, autant de commentaires désagréables qui mettent implicitement et même explicitement en cause mon intégrité, et par extension celle de mes collaborateurs, sans aucun motif et ne reflétant que votre adhésion dogmatique à certaines croyances.

Pour terminer, permettez-moi maintenant de passer à nos données . Comme je le disais avant, les méthodes et données pertinentes sur l'évolution des bactéries utilisatrices de citrate se trouvent dans notre article . À trois endroits de notre article, nous avons dit «données non présentées», ce qui est courant dans les articles scientifiques en raison des limites de la longueur des pages, en particulier pour les points secondaires ou mineurs. Aucun des endroits où nous avons fait de telles références ne concerne l'existence des bactéries utilisatrices de citrate; ils ne concernent que certaines propriétés secondaires de ces bactéries. Nous publierons volontiers ces données supplémentaires sur mon site Web .

J'ai l'impression que vous semblez penser que nous n'avons que des documents papier et électroniques pour avoir vu desE. coli. Si nous avons fait des erreurs graves ou des fausses déclarations, vous aimeriez sûrement les retrouver dans ces dossiers. Si nous ne le faisions pas, alors - comme certains de vos acolytes l'ont suggéré - vous pourriez affirmer que nos dossiers eux-mêmes ne sont pas dignes de confiance parce que, eh bien, parce que vous l'avez dit, je suppose. Mais peut-être parce que vous n'avez même pas pris la peine de lire notre article, ou peut-être parce que vous n'êtes pas très intelligent, vous semblez ne pas comprendre que nous avons les bactéries vivantes et réelles qui présentent les propriétés rapportées dans notre article, y compris la souche ancestrale. utilisé pour démarrer cette expérience à long terme et ses descendants évolués utilisant le citrate. En d’autres termes, ce n’est pas que nous prétendons avoirentrevu«Une licorne dans le jardin» - nous en avons toute une populationviedans mon laboratoire! [ http://en.wikipedia.org/wiki/The_Unicorn_in_the_Garden ] Et de peur que vous ne m'accusiez davantage de fraude, je ne veux pas littéralement dire que nous avonslicornesdans le laboratoire. Je fais plutôt une allusion littéraire. [ http://en.wikipedia.org/wiki/Allusion ]

Un de vos acolytes, le Dr Richard Paley, a compris ce point. Il ne semble pas comprendre la pratique et les limites de la science, mais au moins il se rend compte que nous avons les bactéries et qu’elles fournissent «les vraies données dont nous [c’est vous et votre gang] avons besoin». Voici ce que ce Dr Paley avait à dire:

«Je pense qu'il y a beaucoup de malentendus ici de la part des critiques de M. Schlafly et d'obscurcissement de la part du professeur Lenski et de ses partisans. Les vraies données dont nous avons besoin ne se trouvent pas dans le papier. Ils sont plutôt dans les bactéries utilisées dans les expériences elles-mêmes. Le professeur Lenski affirme que ces bactéries ont «évolué» de nouveaux traits et que ceux-ci ont été précédés par l’évolution de «génotypes potentialisés», à partir desquels les traits pourraient être «réévolués» en utilisant des colonies préservées de ces générations. Mais comment savoir si ces traits n’ont pas été «potentialisés» par le Créateur quand Il a conçu les bactéries il y a des milliers d’années, de telle sorte qu’elles finiraient par se révéler le moment venu? La seule façon de régler ce problème est d’avoir accès aux séquences génétiques des colonies de bactéries afin d’appliquer les techniques CSI et de déterminer si ces «génotypes potentialisés» sont nés par hasard aveugle ou par intelligence. Mais avec les spécimens physiques entre les mains des darwinistes, qui prétendent qu'ils se rendront au séquençage à un moment futur non spécifié, comment pouvons-nous être sûrs que ces données seront disponibles et directes? Ainsi, le professeur Lenski et al. devrait fournir à Conservapedia, en tant que stewards, des échantillons desE. colicolonies afin que les données puissent être accessibles à des chercheurs impartiaux en dehors de l’hégémonie du monde universitaire darwinien, même si elles ne seront pas immédiatement examinées par M. Schlafly. Il s’agit simplement de garder les scientifiques financés par les contribuables honnêtes. »

Alors, allons-nous partager les bactéries? Bien sûr, nous le ferons, avec des scientifiques compétents . Maintenant, si j'étais vraiment méchant, je pourrais ne partager que la souche ancestrale, et laisser les scientifiques entreprendre les 20 ans de notre expérience. Ou si je n'étais qu'un peu méchant, peut-être que j'enverrais aussi les bactéries potentialisées et laisserais les destinataires répéter les plusieurs années de travail incroyablement pénible que mon superbe doctorant, Zachary Blount, a effectué pour tester quelque 40 billions de dollars. (40 000 000 000 000) cellules, qui ont généré 19 mutants supplémentaires utilisant du citrate. Mais je suis un gars sympa, du moins quand on le traite avec une courtoisie commune, donc si un scientifique compétent le demande, j'enverrais même un échantillon des évoluésE. coliqui pousse maintenant vigoureusement sur le citrate. Un microbiologiste compétent, nécessitant peut-être l'assistance d'un généticien moléculaire compétent, confirmerait volontiers les propriétés suivantes rapportées dans notre article: (i) La souche ancestrale ne pousse pas en DM0 (zéro glucose, mais contenant du citrate), dont la recette peut être trouvé sur mon site Web, sauf en laissant le glucose hors de la recette standard comme indiqué dans notre article. (ii) La souche évoluée utilisant le citrate, en revanche, pousse bien dans ce même milieu exact. (iii) Pour confirmer que la souche évoluée n'est pas une espèce contaminante mais qu'elle est en fait dérivée de la souche ancestrale de notre étude, on pourrait vérifier un certain nombre de traits et de gènes qui identifient l'ancêtre commeE. coli, et les souches évoluées en tant que descendantes de celles-ci, comme indiqué dans notre article. (iv) On pourrait également séquencer lespykFetnadRgènes de l’ancêtre et souches utilisant des citrate évoluées. On trouverait que les bactéries évoluées ont des mutations dans chacun de ces gènes. Ces mutations correspondent précisément à celles que nous avons rapportées dans nos travaux précédents, et elles identifient les mutants évolués utilisant le citrate comme ayant évolué dans la population désignée Ara-3 de l'expérience d'évolution à long terme, par opposition à l'une des 11 autres populations de cette expérience. Et on pourrait continuer indéfiniment à partir de là pour confirmer les conclusions de notre article, et peut-être obtenir des données supplémentaires du type que nous recherchons actuellement.

Avant que je puisse envoyer à quiconque des souches bactériennes, dans l'ordre se conformer aux bonnes pratiques scientifiques J'aurais besoin d'une preuve des diplômes du scientifique demandeur, y compris: (i) l'affiliation à une unité appropriée dans une université ou un centre de recherche avec des installations appropriées pour le stockage (congélateur à -80 ° C), la manipulation (incubateurs, etc.) et l'élimination des bactéries (autoclave ); et (ii) certaines preuves, telles que des publications évaluées par des pairs, qui indiquent que le scientifique destinataire sait comment travailler avec des bactéries, de sorte que mon université et moi-même pouvons être sûrs que nous envoyons du matériel biologique à quelqu'un qui sait comment les manipuler. À propos, nos souches ne sont pas dérivées de l'une des variétés pathogènes deE. coliqui sont une cause fréquente de maladies d'origine alimentaire. Cependant, même les souches non pathogènes peuvent causer des problèmes à ceux qui sont immunodéprimés ou autrement plus vulnérables à l'infection. De plus, mon université exige qu'un accord de transfert de matériel soit exécuté avant que nous puissions expédier des souches. Cet accord n'empêcherait pas un scientifique destinataire de publier ses résultats. Cependant, si un piratage incompétent ou frauduleux (notez que je ne fais référence à personne, car il s'agit d'un scénario strictement hypothétique, dont je doute qu'il se produirait) devait faire des déclarations fausses ou trompeuses sur nos souches, alors je suis confiant que certains scientifiques hautement qualifiés se joindraient à la mêlée, examineraient les souches et détermineraient qui avait raison et qui avait tort. C’est ainsi que fonctionne la science.

Je voudrais aussi généralementinterrogerce que le scientifique demandeur a l'intention de faire avec nos souches. Pourquoi? Cela m'aide à évaluer l'expertise du demandeur. Je pourrais peut-être indiquer des références utiles, par exemple. De plus, comme je l’ai dit, nous poursuivons notre travail avec ces souches, sur plusieurs fronts, comme expliqué en détail dans la section Discussion de notre document. Je ne serais pas heureux de voir notre travail «récupéré» par une autre équipe - en particulier pour le bien des étudiants et post-doctorants exceptionnels de mon groupe qui travaillent dur sur ces fronts. Cependant, cette demande de nous permettre d’aller de l’avant, sans risquer d’être évincés sur des travaux dans lesquels nous avons investi beaucoup de temps et d’efforts, ne serait que cela: une demande. En d'autres termes, nous respecterionsPNASpolitique de partager ces souches avec tout scientifique compétent qui s'est conformé aux exigences de mon université pour le MTA et à toute autre restriction légale pertinente. Si une telle demande nécessite un temps ou des ressources substantiels (nous avons des milliers d'échantillons de cette expérience et de nombreuses autres), alors bien sûr je m'attendrais à ce que le destinataire assume ces coûts.

Alors là vous l'avez. Je sais que j’ai été un peu moins poli dans cette réponse que dans la précédente, mais je me comporte toujours beaucoup plus poliment que vous ne le méritez compte tenu de votre comportement grossier, volontairement ignorant et calomnieux. Et j’ai passé beaucoup plus de temps à répondre que vous ne le méritez. Cependant, comme je l'ai dit au début, Je prends l'éducation au sérieux , et je sais que certains de vos acolytes ont encore la capacité et le désir de penser, comme beaucoup d'autres qui liront cet échange.

Sincèrement,

Richard Lenski

P.S. Saviez-vous que vos propres entrailles abritent quelque chose comme un milliard (1.000.000.000)E. colià ce moment précis? Alors n'oubliez pas de vous laver les mains après être allé aux toilettes, comme j'espère que ta mère t'a appris. Des calculs simples impliquent qu'il y a quelque chose comme 10 ^ 20 = 100 000 000 000 000 000 000E. colivivant sur notre planète à tout moment. Même s'ils ne se divisent qu'une fois par jour, et étant donné un taux de mutation typique de 10 ^ -9 ou 10 ^ -10 par paire de bases et par génération, alors pratiquement toutes les doubles mutations possibles se produiraient tous les jours environ. C’est beaucoup d’opportunités d’évolution.

P.P.S. J'espère que certains lecteurs pourront rire de cette histoire. Le mêmedimanche(15 juin 2008) que vous et certains de vos acolytes avez posté et fait la promotion d'attaques calomnieuses contre moi et nos recherches (n'était-ce pas un peu irrespectueux du sabbat?), J'étais dans une église pour assister à un mariage . Et savez-vous quelle leçon de l'Ancien Testament a été lue? C'étaitGenèse1: 27-28, dans lequel Dieu créa l'homme et la femme. C’est une histoire très simple et charmante, et je n’ai posé aucune question, je n’ai pas pris d'assaut ou demandé la preuve que cela s'est passé tel qu'il a été écrit à une époque où la science n'existait pas encore. J'étais là dans le domaine de la spiritualité et du respect mutuel, sans confondre une maison de religion avec un cours ou un laboratoire de sciences. Et c'était aussi un beau mariage.

P.P.P.S. Vous pouvez être incapable de comprendre, ou ne pas vouloir accepter, que l'évolution se produit. Et pourtant, la vie évolue! [ http://en.wikipedia.org/wiki/E_pur_si_muove ] D'après le contenu de votre site Web, il est clair que vous, comme beaucoup d'autres, considérez Dieu comme le Créateur de l'Univers. Je respecte ce point de vue. Je trouve cependant déconcertant que quelqu'un puisse adorer Dieu comme le tout-puissant Créateur tout en niant même la possibilité (sans parler des preuves accablantes) que la création de Dieu impliquait une évolution. C'est comme si une personne pensait que Dieu doit avoir les mêmes limites en matière de création qu'une personne qui est incapable de comprendre, ou même d'essayer de comprendre, le monde dans lequel nous vivons. Ce point de vue n’est-il pas insultant pour Dieu?

P.P.P.P.S. J'ai remarqué que vous disiez que l'un de vos articles préférés sur votre site Web est celui sur 'Tromperie'. Cet article commence comme suit: «La tromperie est la déformation ou le déni délibéré de la vérité dans l'intention de tromper ou de tromper un autre. Le christianisme et le judaïsme enseignent que la tromperie est mauvaise. Par exemple, l'Ancien Testament dit, «Tu ne porteras pas de faux témoignage contre ton prochain.» ' Vous devriez vraimentpenseplus soigneusement sur ce que signifie ce commandement avant de porter un faux témoignage contre les autres.

Éléments censurés dans la réponse

Les lecteurs assidus de Conservapedia ont remarqué que l'expression '[Ed.: Citation omise en raison du filtre anti-spam]»figurait dans la deuxième des réponses du professeur sur leur site. Des questions sur cette rétention d'informations ont été faites par certains lecteurs de Conservapedia. Après qu'au moins deux utilisateurs ont été bloqués pour poursuivre le problème, il a été révélé que le lien incriminé ne concernait personne d'autre qu'un certain RW. Il a en outre été établi que les initiales RW désignaient un « Le wiki prétendait être rationnel '- en d'autres termes,le wiki même que vous lisez en ce moment. Ce désir ironique de dissimuler des données a suscité des inquiétudes chez Conservapedia et de la joie chez RationalWiki. Notre article ci-dessus a toutes les informations incluses dans la réponse du professeur. Pour ceux qui sont intéressés, le lien censuré par Conservapedia est Expulsé: aucune intelligence autorisée .

En finale ironie Conservapedia a ensuite effacé de la page de discussion toutes les références à leur incapacité à imprimer la réponse entière.

En outre, un point moindre est que l'accent (gras) dans la deuxième réponse provient de l'original, mais a été omis dans la transcription de Conservapedia. C'était presque certainement un simple oubli. (MISE À JOUR: depuis le 21 août 2015, les caractères gras semblent avoir été remplacés. On ne sait pas quand cela s'est produit.)

Conséquences

M. Schlafly avait certainement l'intention que ses lettres au professeur Lenski aient pour effet de discréditer son travail ou de le gêner d'une manière ou d'une autre. Au cas où les conséquences n'auraient pas pu être plus différentes.

  • À la suite de la folie de M. Schlafly il a élevé le statut de l'article de démonstration de l'évolution du professeur Lenski du statut de «hautement significatif» à «phénomène de blog scientifique sur Internet». Il est difficile de penser à une autre action qui aurait ainsi rehaussé le profil de cette recherche.
  • De nombreux non-spécialistes se sont sans doute intéressés à l'échange. Pour beaucoup, les extraits sonores à emporter auraient été `` Un scientifique prouve l'évolution en laboratoire '' et `` Religieux Fondamentalistes ne comprends pas Science ». D'autres ont peut-être continué à acquérir une compréhension plus profonde en conséquence.
  • Conservapedia est redevenu la risée d'Internet. Et cette fois, le blâme ne pouvait être mis sur aucun prétendu parodie . M. Schlaflypersonnellementa commencé le bal, a continué avec lui contre les doutes publiquement exprimés de ses associés, et est revenu une deuxième fois quand il a senti qu'il n'aimait pas la première réponse.
  • En refusant d'inclure le lien vers RationalWiki dans la deuxième réponse du professeur Lenski, M. Schlafly a faitplus que tout autre individupour augmenter le profil de RationalWiki sur le net. Étonnamment, Conservapedia a ensuite aggravé l'erreur en tentant maladroitement de cacher sa propre correspondance ouverte concernant la question.
  • Schlafly a montré sa prise de l'épisode comme ce : «Richard Lenski de la Michigan State University a été impoli et humiliant lorsqu'il a répondu à un membre du public qui lui a posé des questions sur ses recherches.

En conclusion, il est difficile d'imaginer une ligne de conduite plus incroyablement, énormément, incroyablement contre-productive pour sa cause que celle entreprise par M. Schlafly.

Schlafly passe actuellement ses journées à éditer (et à censurer le contenu de) cette tripe qui se présente comme un article d'encyclopédie.

Battre un cheval mort, le cheval recule

Lettre de Conservapedia à PNAS

Le 4 août 2008, Conservapedia a ensuite rédigé et envoyé par courrier électronique, sous la signature d'Andrew Schlafly, cette lettre à PNAS:

Titre:

Identification des failles dans l'article suivant publié dans PNAS: Blount ZD, Borland CZ et Lenski RE, 'Historical contingency and the evolution of a key innovation in an experimental population of Escherichia coli', 105 PNAS 23, pp. 7899-7906 ( 10 juin 2008).

Auteur:

Andrew Schlafly, B.S.E., J.D.

Affiliations d'auteur:

www.conservapedia.com, enseignant des élèves du pré-collège

Texte:

Les défauts suivants dans ce document PNAS réfutent son affirmation selon laquelleE. Coliles bactéries ont évolué grâce à une mutation bénéfique:
1. La figure 3 représente une hypothèse de «contingence historique» autour de la 31 000e génération, mais l'abstrait indique que les mutations «sont survenues par 20 000 générations». L'article ne parvient pas à admettre que la troisième expérience a réfuté l'hypothèse de contingence décrite à la figure 3.
2. Les deux hypothèses proposent des taux de mutation fixes, mais l'échec des mutations à augmenter avec la taille de l'échantillon le réfute. Si les auteurs affirment qu'il est inapproprié de comparer pour l'échelle les deuxième et troisième expériences l'une à l'autre et à la première expérience, alors c'était aussi une erreur de les traiter de manière statistique de manière similaire.
3. Le document a incorrectement appliqué un test de rééchantillonnage de Monte Carlo pour exclure l'hypothèse nulle pour les événements rarement survenant. Les résultats de la troisième expérience sont cohérents avec l'hypothèse nulle, contrairement à l'affirmation de l'article.
4. C'était une erreur d'inclure des générations deE. colidéjà connu pour contenir des variantes de trace Cit +. L'occurrence hautement improbable de quatre variantes Cit + de la 32 000e génération dans la deuxième expérience suggère une origine de variantes Cit + préexistantes non détectées.
5. La troisième expérience a été combinée à tort avec les deux autres expériences basées sur les résultats plutôt que sur la taille de l'échantillon, ce qui a donné une fausse déclaration de signification statistique globale.
Les données sous-jacentes à cette recherche financée par le secteur public (NSF) n'ont pas été rendues publiques, malgré les demandes d'une telle publication et la politique de la NSF selon laquelle «les données collectées avec des fonds publics appartiennent au domaine public».

DC:

Randy Schekman, rédacteur en chef, PNAS, Université de Californie à Berkeley (par e-mail et courrier postal)
New Scientist (par fax - 0171261 6464)
Rep.Brian Baird, président du sous-comité sur la recherche et l'enseignement scientifique du Comité de la Chambre des États-Unis sur la science et la technologie (par courrier postal)
Veille judiciaire (par email)

Comme pour la lettre au professeur Lenski, la lettre était un effort conjoint des rédacteurs en chef de Conservapedia, le projet initial étant rédigé par DinsdaleP. L'utilisateur Stitch75 a formulé des critiques constructives, tant sur le contenu que sur le style de la lettre.

Schlafly a ignoré tous les conseils, faisant taire Stitch75 avec:

«Stitch75», vous semblez penser que la vérité dépend de l'acceptation ou non par PNAS. Ça ne l'est pas. L'article de Lenski est gravement défectueux, qu'il l'admette, que PNAS l'admette ou que vous l'admettiez. C'est la beauté de la vérité: elle ne nécessite l'admission de personne . Je suis d'accord avec Lenski et PNAS qui refusent d'admettre les défauts de leur article. Après tout, s'ils se souciaient vraiment de la qualité, je doute qu'ils auraient publié leur article défectueux après seulement 14 jours ou moins d'examen par les pairs.

Il est possible - et la suggestion a été soulevée - que Schlafly ait délibérément soumis une lettre défectueuse, ce qui lui permettrait de pleurer ' la censure 'quand il n'a pas été publié.

Le 24 août 2008, Andrew Schlafly a posté un article sur la première page de Conservapedia que la notification avait été donnée, par PNAS, à tous les co-auteurs de l'article de Lenski concernant la lettre ci-dessus. Le comité de rédaction examinerait la lettre et envisagerait l'un des éléments suivants: acceptation, rejet ou révision. Ils ont opté pour le «rejet», comme le montre la réponse suivante.

Réponse du PNAS à M. Schlafly et à sa Conservapedia

Date limite: 11 septembre 2008.

Un membre du comité de rédaction a évalué la lettre et a conclu que PNAS ne pouvait pas la publier pour les raisons suivantes:

D'après ce que je considère être le problème sous-jacent à partir des points numérotés, la principale préoccupation de M. Schlafly est liée au fait qu'une expérience n'a pas abouti à un résultat statistiquement significatif, et il s'est avéré que c'était l'expérience avec la plus grande taille d'échantillon. Chaque expérience a une puissance limitée pour détecter une différence d'une ampleur donnée, et donc, dans une série d'expériences, certaines peuvent donner des résultats non significatifs même lorsque l'hypothèse nulle est fausse. L'expérience non significative peut même être celle avec la plus grande taille d'échantillon. Il n'y a rien d'exceptionnel à cela - c'est une question de hasard. Néanmoins, d'un point de vue statistique, il convient de combiner les résultats d'expériences indépendantes, comme Blount et al. fait correctement dans leur papier d'origine. Si le résultat global est significatif, comme c'est le cas dans ce cas, alors toute la série de tests est considérée comme significative. M. Schlafly semble suggérer que des expériences dont la taille d'échantillon diffère ne peuvent pas être combinées dans une analyse globale, et si c'est ce qu'il suggère, il se trompe.
Je pense que les lettres publiées dans PNAS devraient soulever des points qui en eux-mêmes, ou conjointement avec la réponse des auteurs, devraient être d'un grand intérêt pour le lectorat de PNAS ou devraient éclairer un point obscur ou subtil. Les questions soulevées par M. Schlafly ne sont ni obscures ni subtiles, mais font partie de l'analyse statistique quotidienne à un niveau trop élémentaire pour nécessiter une répétition dans les pages de PNAS.
Le dernier commentaire de M. Schlafly sur la divulgation des données est déplacé. Je crois comprendre que les auteurs ont mis les documents pertinents à disposition sur leur site Web. Cela me semble répondre à l'exigence selon laquelle «les données collectées avec des fonds publics appartiennent au domaine public». Si M. Schlafly estime que la divulgation est incomplète, c'est une question qui doit être discutée avec l'agence de financement d'origine, et non avec les lecteurs de PNAS.

Conclusion

Dans un article de 2012, Blount et al. identifié et séquencé les mutations conduisant au Cit (+) phénotype . En démontrant la série réelle de mutations qui ont finalement donné naissance au phénotype, les scientifiques ont éliminé tout problème de transfert horizontal de gène ou de contamination.